Juan Francisco Borges nace en Santiago del Estero, el 1 de junio de 1816. En 1852 es electo diputado provincial. Dos años después es diputado del Congreso de Paraná. Se une al Partido Unitario, que apoya el Estado de Buenos Aires contra el gobierno de la Confederación Argentina. En 1856 es electo Convencional Constituyente de su provincia y redacta el texto de la primera Constitución de Santiago del Estero. Entre 1855 y 1857 ocupa dos veces el cargo de gobernador delegado. El 26 noviembre de 1857 asume como gobernador titular, aunque de facto, el poder político sigue en manos de los hermanos Taboada. Durante sus mandatos se da un importante impulso a las iniciativas conducentes a la mejora de la educación pública. Al estallar la guerra entre la Confederación y Buenos Aires, en 1859, se niega a colaborar con el gobierno federal, aunque tampoco ayuda a Buenos Aires. Entrega el gobierno a su sucesor, Pedro Ramón Alcorta, el 26 de diciembre de ese año. En 1860 es electo senador nacional, apoyando en todo la política de Bartolomé Mitre. Al producirse la Batalla de Pavón, se retira a Santiago del Estero, dos meses antes de que el Congreso de la Confederación se declarase disuelto. Es electo diputado provincial y preside la Legislatura de su provincia durante varios periodos. Desde sus funciones legislativas presta permanentemente su apoyo a los hermanos Taboada en sus planes de política regional, interviniendo su provincia en los asuntos de Catamarca, La rioja y Tucumán. Durante la segunda gobernación de Manuel Taboada ejerce el cargo de gobernador delegado en varias oportunidades. En 1864 preside la Convención Constituyente que reforma la Constitución provincial que había redactado ocho años antes. En 1873 es presidente de la Junta de Instrucción Pública, y ese mismo año asume como Ministro de Gobierno del gobernador Absalón Ibarra, de quien también fue gobernador delegado durante dos breves periodos. Cuando cae el régimen de los Taboada en 1875, por acción directa del presidente Nicolás Avellaneda, se exilia en Salta. Luego de su paso por Buenos Aires, finalmente regresa a Santiago del Estero, donde ejerce como fiscal de Estado. El 17 de septiembre de 1897, fallece en su ciudad natal, a los 81 años de edad.