Nació en Payogasta, provincia de Salta, el 24 de octubre de 1841. Fueron sus padres el coronel Bonifacio Ruiz de los Llanos y doña Buenaventura o Ventura San Roque. Cursó sus primeros estudios en una escuela de los valles calchaquíes que había sido fundada por su padre. Prosiguió su formación en Concepción del Uruguay. Tuvo como compañero de banco a Julio Argentino Roca. Fue un alumno excepcional. Pese a que aún no había finalizado su etapa escolar, fue profesor de castellano y de latín y luego dictó clases de matemáticas. Comenzó la carrera de medicina en 1858, pero abandonó al poco tiempo. Se dedicó a estudiar química y obtuvo el título de doctor en dicha materia. Cuando estaba cursando el tercer año en la carrera de Derecho, se enroló como subteniente en el ejército para combatir en la guerra contra el Paraguay. Debido a su participación en las batallas de Paso de la Patria, Tuyutí, Boquerón y Curupaytí, recibió distinciones y condecoraciones de los gobiernos de Uruguay y del Brasil. Luego de finalizada la contienda, fue ascendido a mayor del ejército. Continuó con sus estudios y se graduó de doctor en jurisprudencia. En 1872, resultó electo Diputado Nacional. Cuando finalizó su mandato como representante del pueblo salteño, ocupó una banca en el Senado bonaerense, por el Partido Autonomista. En 1878, se opuso a la aplicación de la pena de muerte que había propuesto su colega Mariano Demaría. En 1880 y en 1884, regresó a la Cámara Baja para desempeñarse como legislador. Allí, los diputados aprobaron la Ley de Educación Común, la cual Ruiz de los Llanos puso su firma como presidente de dicha Cámara. Junto al doctor Isaac Chavarría dirigió la edición oficial del Código Civil, incorporándole las enmiendas y adiciones de la ley 1196. En ocasión de su posible candidatura presidencial, le envió una carta al general Roca, en cuyos párrafos admitió que no tenía la preparación suficiente para ocupar la primera magistratura de nuestro país. Cuando se retiró de la vida política activa, se desempeñó como académico de la Facultad de Ciencias Exactas, luego fue rector del Instituto Libre de Segunda Enseñanza (desde 1897 hasta 1910) y, en el Consejo Nacional de Educación, fue vocal y también vicepresidente. Falleció en Buenos Aires, el 5 de julio de 1910. Se casó con doña Matilde Forest y Martínez.